実践ケモインフォマティクス

〜主にケモインフォマティクス, 個人的備忘録, 理論より実践重視〜

個人的メモ(分析者のためのデータ解釈学入門 第三部)

(function(b,c,f,g,a,d,e){b.MoshimoAffiliateObject=a; b[a]=b[a]||function(){arguments.currentScript=c.currentScript ||c.scripts[c.scripts.length-2];(b[a].q=b[a].q||[]).push(arguments)}; c.getElementById(a)||(d=c.createElement(f),d.src=g, d.…

Tips(プログラミング関連)

matplotlib を日本語表示対応させる japanize matplotlibをインストール pip install japanize-matplotlib japanize_matplotlibをmatplotlibと共にインポートする import matplotlib.pyplot as plt import japanize_matplotlib pickle の活用 データや学習済…

個人的メモ(分析者のためのデータ解釈学入門 第二部)

分析者のためのデータ解釈学入門を読んで、自分への戒めや、知らなかったことなどに関する個人的なメモ(第二部)。 第二部では、データが与えられた後の、問題設定〜分析手法の選択までの流れ、必要な知識や考え方について述べられている。

個人的メモ(分析者のためのデータ解釈学入門 第一部)

分析者のためのデータ解釈学入門を読んで、自分への戒めや、知らなかったことなどに関する個人的なメモ(第一部)。第一部では、データの性質が分析・解釈にどう影響を与えるのか、また、それらを適切に処理する方法について述べられている

Pythonで量子化学計算(Psi4)

はじめに Psi4とは オープンソースの量子化学計算ソフトウェアで、pythonを使って動かせる。 この記事について 使い方(主にコード)は、化学の新しいカタチ、ご注文はリード化合部ですか?を参考にさせていただきました。ありがとうございました。 (詳しい…

RDkitを用いた分子構造生成2(A-B-C型)

はじめに BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 前回は、二つのフラグメント(A,B)を結合することで、A-B型の分子を生成したが、今回は、三つのフラグメント(A,B,C)を結合させることで A-B-C型…

RDkitを用いた分子構造生成1(A-B型)

はじめに BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 以前は、BRICSBuildによってランダムに構造を生成したが、今回は、二つのフラグメント(A, B)を結合させることで新たな分子(A-B)を生成する。…

BRICSBuildによる分子構造生成

はじめに BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 生成した分子群(仮想分子ライブラリー)は逆解析時の候補分子として利用可能。 このような構造生成器を Building blockタイプと呼ばれる。この…

RDkitを用いた分子操作(分子のフラグメント化)

はじめに 逆解析(分子探索)を行う際の、分子の生成に使用する部分構造(フラグメント)を準備する。 今回は、水溶解度データ(金子研究室HPのデータセット)に含まれる1290分子の構造をフラグメント化する。 検討するフラグメント手法は以下の2つ RECAP:…

RDkitを用いた分子の操作(3D構造の最適化)

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit pip install py3Dmol 分子の準備 適当な分子を準備する。 #分子の準備 mol = Chem.MolFromSmiles('CN[C@H](C)[C@H](O)c1ccccc1') #もしくは,SDFファイルの読み込みの際に,removeHs=Fals…