実践ケモインフォマティクス

〜主にケモインフォマティクス, 個人的備忘録, 理論より実践重視〜

RDkit

RDkitを用いた分子構造生成2(A-B-C型)

はじめに BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 前回は、二つのフラグメント(A,B)を結合することで、A-B型の分子を生成したが、今回は、三つのフラグメント(A,B,C)を結合させることで A-B-C型…

RDkitを用いた分子構造生成1(A-B型)

はじめに BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 以前は、BRICSBuildによってランダムに構造を生成したが、今回は、二つのフラグメント(A, B)を結合させることで新たな分子(A-B)を生成する。…

BRICSBuildによる分子構造生成

はじめに BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 生成した分子群(仮想分子ライブラリー)は逆解析時の候補分子として利用可能。 このような構造生成器を Building blockタイプと呼ばれる。この…

RDkitを用いた分子操作(分子のフラグメント化)

はじめに 逆解析(分子探索)を行う際の、分子の生成に使用する部分構造(フラグメント)を準備する。 今回は、水溶解度データ(金子研究室HPのデータセット)に含まれる1290分子の構造をフラグメント化する。 検討するフラグメント手法は以下の2つ RECAP:…

RDkitを用いた分子の操作(3D構造の最適化)

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit pip install py3Dmol 分子の準備 適当な分子を準備する。 #分子の準備 mol = Chem.MolFromSmiles('CN[C@H](C)[C@H](O)c1ccccc1') #もしくは,SDFファイルの読み込みの際に,removeHs=Fals…

RDkit を用いた分子構造の操作(骨格変換)

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit データの準備 1290分子の水溶解度(LogS)データ(sdfファイル形式) (金子研究室HPのデータセットを利用) 分子構造の操作(コード) モジュールのインポート import pandas as pd im…

RDkit を用いた分子構造の描画

title: tags: ケモインフォマティクス マテリアルズインフォマティクス RDKit 分子 author: ottantachinque slide: false 前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit conda install xlsxwriter 分子構造の描画 モジュールのインポ…

化合物の記述子化まとめ

はじめに 化合物の構造情報から生成できる変数(記述子)のまとめ 前準備 使用するデータ 1290分子の水溶解度(LogS)データ(sdfファイル形式)の内、20分子を使用 (金子研究室HPのデータセットから取得) モジュールのインストール conda install -c cond…